1. Về đối tượng không chịu thuế:
Để phù hợp và đảm bảo tính đồng bộ của hệ thống phát luật, đồng thời để thực hiện chiến lược, chính sách phát triển của Đảng và Nhà nước, Luật thuế GTGT số 31/2013/QH13 đã bổ sung đối tượng không chịu thuế GTGT: “Bảo hiểm sức khỏe, các dịch vụ bảo hiểm khác liên quan đến con người; các dịch vụ bảo hiểm nông nghiệp khác; bảo hiểm tàu, thuyền; trang thiết bị và các dụng cụ cần thiết khác phục vụ trực tiếp đánh bắt thuỷ sản; Bán tài sản bảo đảm của khoản nợ của tổ chức Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập để xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng Việt Nam; Phụ tùng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học”.
Luật thuế GTGT sửa đổi, bổ sung đã chuyển “dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư” từ đối tượng không chịu thuế sang đối tượng chịu thuế suất 10%. Việc chuyển dịch vụ này vào diện chịu thuế GTGT là cần thiết để bảo đảm tính liên hoàn của thuế GTGT, vì trong thực tiễn các doanh nghiệp đã đầu tư lớn cho việc xử lý chất thải, tái chế phế liệu mà sản phẩm đầu ra (phân vi sinh, sản phẩm tái chế từ nhựa, thuỷ tinh,...) chịu thuế GTGT nhưng không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào. Trường hợp cung cấp hàng hoá, dịch vụ theo phương thức Nhà nước đặt hàng thì Nhà nước bố trí đủ kinh phí để doanh nghiệp nộp thuế.
Ngoài ra, Luật thuế GTGT số 31/QH13/2013 đã chuyển đổi căn cứ để xác định hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT của hộ, cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp từ tiêu thức thu nhập so với mức tiền lương tối thiểu sang tiêu thức doanh thu. Cụ thể: “Hàng hóa, dịch vụ của cá nhân kinh doanh có mức doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT”. Việc chuyển đổi căn cứ này nhằm đảm bảo phù hợp bản chất của thuế GTGT là thu theo hàng hóa và dịch vụ, đồng thời đảm bảo sự ổn định hơn của chính sách so với quy định theo mức lương tối thiểu chung như hiện hành (mức lương tối thiểu thường được Nhà nước điều chỉnh hàng năm) và khắc phục sự phức tạp trong quá trình thực hiện do phải xác định thu nhập của các đối tượng này, tạo thuận lợi hơn cho cơ quan thuế và người nộp thuế trong việc thực thi pháp luật thuế GTGT.
Bổ sung quy định “giá tính thuế GTGT đối với hàng hoá chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế GTGT”. Việc bổ sung quy định này là để bảo đảm đồng bộ trong hệ thống chính sách thuế và phù hợp với nguyên tắc và thông lệ quốc tế về giá tính thuế GTGT là giá bán cuối cùng chưa có thuế GTGT. (Theo Luật thuế bảo vệ môi trường thì Thuế BVMT là khoản thuế gián thu tính bằng mức tuyệt đối cộng vào giá bán của hàng hoá chịu thuế do người mua, người nhập khẩu hàng hoá trả. Thuế BVMT cấu thành trong giá vốn hàng hoá của người nộp thuế BVMT. Do vậy trong các khâu sau khâu nộp thuế người bán không thể xác định được số thuế BVMT trong giá trị hàng hoá khi bán cho khách hàng, không tách được thuế BVMT khỏi giá tính thuế GTGT).
3. Về thuế suất thuế GTGT
- Bổ sung mức thuế suất 5% đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở.
Ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ
Theo kinh nghiệm quốc tế thì đa số các nước đều có quy định ngưỡng doanh thu kê khai nộp thuế GTGT để xác định đối tượng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (có doanh thu vượt trên mức ngưỡng) nhằm đơn giản hoá thủ tục, tiết kiệm chi phí cho người nộp thuế có quy mô kinh doanh nhỏ và chống gian lận thuế. Chính vì thế Luật thuế GTGT lần này đã bổ sung quy định về ngưỡng doanh thu nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Cụ thể: Cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân kinh doanh và trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.
Về phương pháp tính trực tiếp:
Cách xác định: Số thuế phải nộp bằng (=) Giá trị gia tăng nhân (x) Thuế suất thuế giá trị gia tăng.
Tỷ lệ % để tính thuế GTGT được phân biệt theo 4 loại ngành nghề: Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%; Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%; Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%; Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
Để phù hợp với quy định pháp luật về quản lý thuế đồng thời đảm bảo quyền lợi và tạo thuận lợi cho người nộp thuế, Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 đã bỏ khống chế thời hạn (6 tháng) kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn điều chỉnh bổ sung trong trường hợp có sai sót, theo đó “cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”
6. Về hoàn thuế GTGT
Sửa đổi phương thức hoàn thuế: từ “trong 03 tháng liên tục có số thuế chưa được khấu trừ hết” thành “sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên nếu còn số thuế âm mới được hoàn thuế”. Việc sửa đổi quy định này sẽ có tác dụng khắc phục bất cập hiện nay, giảm khó khăn cho quỹ hoàn thuế, góp phần chống lợi dụng, gian lận trong hoàn thuế đồng thời có tác dụng thúc đẩy doanh nghiệp sản xuất trong nước đẩy nhanh việc đưa dự án vào hoạt động và thúc đẩy quá trình lưu thông hàng hóa, trong khi đó các doanh nghiệp xuất khẩu vẫn được hoàn thuế như hiện nay.
Bổ sung quy định việc hoàn thuế đối với hàng hoá mang theo khi xuất cảnh của người mang hộ chiếu nước ngoài.
Nhằm góp phần hỗ trợ cho doanh nghiệp đặc biệt là doanh nghiệp trong lĩnh vực bất động sản, đồng thời thể hiện sự chia sẻ, hỗ trợ của nhà nước đối với những người có thu nhập thấp trong việc mua nhà ở thì một số nội dung trong Luật thuế GTGT số 31/2012/QH13 đã được phép áp dụng ngay từ 1-7-2013. Cụ thể:
Giảm 50% mức thuế suất thuế giá trị gia tăng (từ ngày 1-7-2013 đến hết ngày 30-6-2014) đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở thương mại là căn hộ hoàn thiện có diện tích sàn dưới 70 m2 và có giá bán dưới 15 triệu đồng/m2.
Áp dụng thuế suất 5% đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở.