Ngoài việc truy thu, truy hoàn và phạt 269 tỷ đồng đối với 104 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết, cơ quan thuế cũng xác định lại doanh thu, làm giảm lỗ hơn 1.785 tỷ đồng; giảm khấu trừ 1 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế hơn 2.373 tỷ đồng. Trong đó thanh tra, kiểm tra xác định lại giá thị trường đối với giao dịch liên kết đã truy thu hơn 148 tỷ đồng, giảm lỗ hơn 1.688 tỷ đồng, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế hơn 1.489 tỷ đồng.
Ngoài thanh tra, kiểm tra nhằm chống thất thu thuế đối với doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết, ngành Thuế cũng đẩy mạnh thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng. Báo cáo cho thấy, toàn ngành đã thực hiện được 2.113 cuộc thanh tra, kiểm tra sau hoàn, tương ứng với tổng số tiền hoàn là 9.931 tỷ đồng.
Tổng số tiền truy hoàn và phạt là 80,1 tỷ đồng (trong đó: số thuế truy hoàn là 59,3 tỷ đồng, tổng số tiền phạt là 20,8 tỷ đồng, tổng số tiền bị truy hoàn và phạt đã nộp vào ngân sách nhà nước là 36,2 tỷ đồng).
Mặc dù công tác thanh tra, kiểm tra được ngành Thuế rất quan tâm, nhưng do tình hình dịch bệnh Covid-19 đã ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp. Để tạo điều kiện cho doanh nghiệp, người nộp thuế vượt qua khó khăn, Tổng cục Thuế đã chỉ đạo các cục thuế tạm dừng thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp có trong kế hoạch, nhưng bị ảnh hưởng bởi dịch bệnh Covid-19. Do đó, kế hoạch thanh tra, kiểm tra đã bị chậm lại. Cũng do ảnh hưởng của dịch bệnh, nên thay vì kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, ngành Thuế đã đẩy mạnh kiểm tra tại cơ quan thuế. Khi có dấu hiệu rủi ro về thuế, mới tiến hành thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
Báo cáo cho thấy, tính đến ngày 15/7/2020, toàn ngành Thuế đã thực hiện được 32.851 cuộc thanh tra, kiểm tra, đạt 35,53% kế hoạch năm 2020 và bằng 82,69% so với cùng kỳ năm 2019. Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua thanh tra, kiểm tra là hơn 30.695 tỷ đồng; giảm khấu trừ 714,5 tỷ đồng; giảm lỗ hơn 19.065 tỷ đồng. Tổng số tiền thuế nộp vào ngân sách là hơn 5.148 tỷ đồng./.