Vướng hoàn thuế GTGT cho DN chế xuất

Trong khi cơ quan Hải quan gặp khó khăn trong hoàn thuế GTGT đối với DN chế xuất thực hiện quyền NK khi bán cho DN chế xuất khác, thì cơ quan thuế nội địa cho rằng không có văn bản hướng dẫn thực hiện… Vấn đề này đang là vướng mắc của cả cơ quan Thuế và Hải quan.
Upload file:

Công ty TNHH Advanex và Công ty TNHH Sankei là những DN chế xuất được thực hiện quyền XK, quyền NK theo quy định tại Nghị định 23/2007/NĐ-CP của Chính phủ. Theo quy định tại Thông tư 194/2010/TT-BTC (nay là Thông tư 128/2013/TT-BTC), Thông tư 196/2012/TT-BTC của Bộ Tài chính thì: “trường hợp hàng hóa NK theo mục đích là mua bán (quyền NK), DN chế xuất làm thủ tục hải quan như thủ tục hải quan NK hàng hóa từ nước ngoài theo hợp đồng mua bán (kê khai tính thuế NK, thuế GTGT, thuế Tiêu thụ đặc biệt (nếu có) thuế Bảo vệ môi trường (nếu có)”.

Do đó, 2 công ty này đã nộp thuế GTGT khi NK hàng hóa. Tuy nhiên, lô hàng NK này sau khi bán cho DN chế xuất khác hoặc XK đã phát sinh vướng mắc về thủ tục hoàn thuế GTGT cho 2 Công ty này.

Có một thực tế, hiện cơ quan Hải quan không quản lý quỹ hoàn thuế GTGT và không có thẩm quyền hoàn thuế GTGT cho DN, việc hoàn thuế GTGT thuộc chức năng, thẩm quyền của cơ quan Thuế nội địa.

Để tháo gỡ vướng mắc này, Tổng cục Hải quan đã trao đổi ý kiến với các đơn vị liên quan: Vụ chính sách thuế, Vụ Pháp chế (Bộ Tài chính), Tổng cục Thuế, Bộ Công Thương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Tổng cục Thuế cho biết, theo Luật thuế GTGT hiện hành thì DN chế xuất không phải là người nộp thuế GTGT và hàng hóa mua bán giữa các DN chế xuất thuộc đối tượng không phải chịu thuế GTGT. Trường hợp cụ thể của Công ty TNHH Advanex và Công ty TNHH Sankei là DN chế xuất NK hàng hóa về bán cho DN chế xuất khác hoặc XK nên nếu hướng dẫn DN chế xuất hạch toán riêng, kê khai nộp thuế riêng thì có sự gia tăng ngân sách ảo (cơ quan Hải quan thu thuế GTGT ở khâu NK, hạch toán số thu vào ngân sách trung ương, sau khi DN chế xuất bán cho DN chế xuất khác hoặc XK thì cơ quan thuế nội địa lại hoàn trả lại cho DN- khiến cho quỹ hoàn thuế bị thâm hụt).

Vì vậy, để tránh tình trạng vừa thu thuế lại hoàn thuế, tại dự thảo Thông tư thay thế Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn thực hiện Luật thuế GTGT, Tổng cục Thuế đã trình Bộ Tài chính phương án:

DN chế xuất là người nộp thuế GTGT khi thực hiện quyền NK, phân phối để bán vào nội địa theo quy định của pháp luật. DN chế xuất thực hiện hạch toán riêng, kê khai nộp thuế riêng đối với hoạt động này, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất XK.

Bên cạnh đó, dự thảo Thông tư cũng quy định, DN chế xuất không phải là người nộp thuế GTGT khi NK hàng hóa để bán cho DN chế xuất khác hoặc để XK.

Tuy nhiên, trong trường hợp của Công ty TNHH Advanex và Công ty TNHH Sankei NK hàng hóa để thực hiện quyền NK phát sinh tại thời điểm Thông tư 194/2010/TT-BTC, Thông tư 196/2012/TT-BTC có hiệu lực và phát sinh trước thời điểm dự thảo Thông tư thay thế Thông tư 06/2012/TT-BTC. Do đó, phải có hướng dẫn xử lý về thuế GTGT cho các trường hợp DN chế xuất đã nộp đủ thuế GTGT khi thực hiện quyền NK hàng hóa để bán cho DN chế xuất khác hoặc XK.

Theo đó, để giải quyết vướng mắc này, vừa qua, Tổng cục Hải quan đã có buổi họp bàn với Tổng cục Thuế và đề nghị Tổng cục Thuế thực hiện hướng dẫn, giải quyết vướng mắc về thủ tục, hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với trường hợp DN chế xuất thực hiện quyền NK trước thời điểm Thông tư thay thế Thông tư 06/2012/TT-BTC có hiệu lực. Trên cơ sở thống nhất của hai bên, Tổng cục Thuế sẽ có công văn trình Lãnh đạo Bộ Tài chính hướng xử lý vướng mắc đối với trường hợp này.